Sekolah Menengah Sains Kubang Pasu terdiri daripada sebuah blok pentadbiran / akademik yang terdiri daripada :

• Pusat Sumber Abdullah Munsyi
• Dataran perhimpunan
• Blok menengah atas dan menengah rendah
• Bengkel
• Makmal Sains
• Dewan serbaguna

Di bahagian asrama pula, ia dilengkapkan dengan:

• 1 dewan makan asrama
• Asrama blok putera 3 tingkat
• Asrama blok puteri 3 tingkat
• Surau Al-Itqaan
• Kantin

Bagi memeriahkan aktiviti sukan dan permainan, sekolah ini dilengkapi dengan:

• Padang bola berkeluasan 90m kali 70m
• balapan olahraga 400m
• padang hoki
• gelanggang bola keranjang
• gelanggang tenis
• gelanggang bola tampar

• gelanggang bola jaring

Di bahagian belakang sekolah pula, ia dilengkapi dengan:

• kuaters guru dan staf sokongan
• 1 unit banglo jenis C ( pengetua )
• 4 unit rumah teres dua tingkat jenis D ( penolong-penolong kanan )
• 1 flat tiga tingkat jenis F ( 12 warden )
• 6 unit rumah teres jenis G ( staf sokongan )
• garaj bas
• astaka